ANF are rolul de a proteja sănătatea plantelor și siguranța lanțului agroalimentar prin monitorizarea, controlul și reglementarea domeniului fitosanitar la nivel național. Instituția desfășoară activități esențiale precum:
• supravegherea și controlul oficial al organismelor dăunătoare și bolilor plantelor;
• analiza și monitorizarea reziduurilor de pesticide în fructe, legume și cereale;
• evaluarea, omologarea și inspecția post-comercializare a produselor utilizate pentru protecția culturilor;
• coordonarea activității laboratoarelor de referință și a oficiilor fitosanitare județene.

Într-un context global în care comerțul internațional și schimbările climatice amplifică riscurile asupra producției agricole, activitatea ANF contribuie decisiv la menținerea unui echilibru între necesitatea protejării culturilor și reducerea impactului asupra mediului.